巴氏殺菌后，由于啤酒在加熱時膨脹，瓶子內部會產生相當大的壓力。啤酒膨脹減少了充滿二氧化碳的瓶頸空間，二氧化碳的壓縮增加了瓶內的壓力。當然，只能壓縮氣體，不能壓縮液體。因此，這部分CO2具有重要的保護作用。
為減少巴氏殺菌過程中爆瓶的損失，啤酒灌裝時必須嚴格控制啤酒液面高度，瓶頸的排空量不應小于瓶容的5%，否則會因壓力過大而導致爆瓶。 -- 一般而言，巴氏殺菌過程的破損率應小于0.1%至0.2%。如果超過這個值，就要引起足夠的重視，并立即采取措施。
一般來說，隧道式巴氏殺菌機也存在一定的問題。例如，當設備出現故障或其他原因停機時，如果不及時取出機器內的瓶子，啤酒殺菌機組可能會超出規定要求。過度的巴氏殺菌會給啤酒帶來明顯的“巴氏殺菌味”（類似于面包味），會大大降低啤酒的口感品質。
此外，隧道滅菌器占地面積大，能耗高。但在一些產品的生產中，它是必不可少的設備。為了提高其經濟性，需要平衡殺菌單元、殺菌溫度、出口溫度和單位噴淋量等各參數之間的關系。既保證了可靠的產品質量，又有效的節能降耗，以最大限度地降低設備成本和運行成本，提高企業的經濟效益。

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